尼德蘭總督
1578年，馬蒂亞斯受叛變省份的州總司令的邀請來(lái)到尼德蘭，并被邀請擔任總督一職。1576年，馬蒂亞斯在雷根斯堡帝國大廈與荷蘭各省特使戈蒂?！ゑT·德格拉赫特（Gautier von der Gracht）取得了聯(lián)系。阿肖特公爵菲利普三世和一個(gè)相當溫和的政黨的其他代表同意馬蒂亞斯，違背他的舅舅西班牙的費利佩二世的意愿，在魯道夫二世皇帝不知情的情況下，任命他為尼德蘭總督。盡管這一職位沒(méi)有得到費利佩二世的承認，但是馬蒂亞斯還是接受了任命。他制定了大部分省份的宗教和平規則。馬蒂亞斯繼續擔任叛軍的名義總督，直到他們罷黜費利佩二世并于1581年宣布完全獨立，在這一時(shí)間點(diǎn)上，他回到了奧地利。 奧地利大公
1583年他回到奧地利并在林茨定居。他幾次試圖當選為主教，但都沒(méi)有成功（明斯特、列日、斯派爾）。1586年，繼承波蘭王位的談判同樣失敗。他還申請了蒂羅爾和奧地利的攝政權。直到他的兄弟恩斯特在1593年被任命為尼德蘭總督（從1594年開(kāi)始統治），馬蒂亞斯才得以確保對奧地利的統治。 他立即面臨著(zhù)在新教宮廷中大力倡導他們的宗教權利的挑戰。長(cháng)期的土耳其戰爭導致的高稅收和軍隊的增加加劇了這些問(wèn)題。在1595年和1597年，上奧地利和下奧地利的農民起義，希望與皇帝談判。馬蒂亞斯迫使叛亂分子向雇傭兵投降。 起義平息后，馬蒂亞斯的宗教政策發(fā)生了變化。如果以前他的宮廷里有新教徒的話(huà)，他現在就走上了嚴格的反宗教改革的道路。自1599年以來(lái)，他的大臣一直是主教兼維納·紐施塔特（Wiener Neustadt）的行政長(cháng)官梅爾基奧爾·赫勒（Melchior Khlesl），也是反改革運動(dòng)的支持者?；实墼?594/95年和1598/1600年分別任命他為土耳其戰爭的名義總司令和駐匈牙利的帝國代表。 哈布斯堡兄弟之間的權力斗爭
哈布斯堡一家非常關(guān)切地觀(guān)察到，年邁皇帝的心理日漸衰退。恩斯特于1595年去世后，馬蒂亞斯成為大公中年齡最大的。從1599年起，馬蒂亞斯徒勞地敦促沒(méi)有孩子的皇帝安排他的繼承權，因為他每次都被拒絕了。馬蒂亞斯起初避免與皇帝爭吵。但克萊斯主教敦促他在與魯道夫的沖突中掌握指揮權。1600年11月，馬提亞斯大公、馬克西米利安三世和斐迪南在肖特溫簽署了一致反對皇帝的協(xié)議，1606年，他們宣布魯道夫皇帝已經(jīng)精神失常（4月25日的文件），并任命馬蒂亞斯為家族首領(lǐng)，并開(kāi)始驅逐魯道夫。正是馬蒂亞斯而不是皇帝促成了茨西瓦托羅克與奧斯曼的和平，1606年通過(guò)給予匈牙利的宗教自由結束了匈牙利的沖突，并保障了特蘭西瓦尼亞人將來(lái)選舉自己獨立親王的權利。 隨著(zhù)動(dòng)蕩在匈牙利重新出現，并蔓延到摩拉維亞和奧地利的部分地區，馬蒂亞斯試圖利用這一反對派與皇帝進(jìn)行權力斗爭。1608年，他加入了匈牙利的反叛議會(huì )。1608年4月，馬蒂亞斯向布拉格進(jìn)軍，包圍了這座城市。雖然無(wú)法完全贏(yíng)得波希米亞的遺產(chǎn)，但他迫使魯道夫談判，并在1608年6月簽署了和平條約。不出所料，這導致了權力的重新分配。魯道夫占領(lǐng)了波希米亞、西里西亞和盧薩蒂亞，馬蒂亞斯占領(lǐng)了匈牙利、奧地利和摩拉維亞。
然而，接管權力并沒(méi)有按照慣例進(jìn)行。馬蒂亞斯，作為新君主，在他們正式向他致敬之前，并沒(méi)有保證同伙的特權。他試圖推翻命令，這導致了所謂的朝拜糾紛。由于奧地利和摩拉維亞的大多數莊園都是新教徒，他們的貴族隨后成立了強大的霍納聯(lián)邦（Horner Bund），并僅在他們的宗教權利得到保障的情況下才表示敬意?；艏{聯(lián)邦一直存在到三十年戰爭開(kāi)始。 主權統治
馬蒂亞斯于1611年5月23日加冕為波希米亞國王，并在魯道夫于1612年1月20日去世后當選為皇帝。1611年12月4日，他與堂妹蒂羅爾的安娜結婚，然而這對夫婦未能生育子女。據稱(chēng)，馬蒂亞斯是奧地利一個(gè)名叫馬蒂亞斯的私生子的父親，母親不詳。
1612年以后，法院和行政機構逐漸從布拉格遷往維也納。新皇帝對藝術(shù)的興趣不如魯道夫二世，大多數宮廷藝術(shù)家很快就對他的宮廷置之不理。然而，馬蒂亞斯與畫(huà)家盧卡斯·范·瓦爾肯伯奇保持著(zhù)密切的關(guān)系?；实鄣钠拮釉诰S也納建立了教堂和皇家墓穴以作為哈布斯堡家族未來(lái)的埋葬地點(diǎn)。據稱(chēng)，馬蒂亞斯在今天的舍恩布倫宮地區發(fā)現了一處泉水。據說(shuō)，從他的一句話(huà)“瞧，多么美麗的春天”（beautifuly=sch?n，spring=Brunn）中，它就成了這個(gè)地區和宮殿的同名詞。 馬提亞斯入主帝國后，他的王位被克萊斯所控制，他希望在神圣羅馬帝國內的天主教和新教國家之間達成妥協(xié)，以加強統治。馬蒂亞斯已經(jīng)被迫向奧地利和摩拉維亞以及匈牙利的新教徒提供宗教讓步，當時(shí)他與新教徒結盟反對魯道夫。馬蒂亞斯囚禁了克羅地亞、斯拉沃尼亞和達爾馬提亞的總司令、將軍格奧爾格·凱列維奇，自1602年以來(lái)，他一直在特蘭西瓦尼亞擔任男爵，但很快又讓他重獲自由。 馬蒂亞斯的和解政策遭到了更加頑固的天主教哈布斯堡人的反對，特別是馬蒂亞斯的兄弟馬克西米利安大公，他希望確保斐迪南大公（后來(lái)的斐迪南二世皇帝）的繼承權。新教波希米亞人擔心他們的宗教自由，強烈反對所有天主教官員。這場(chǎng)爭論在波希米亞新教起義中達到了頂點(diǎn)。這激起了馬克西米利安監禁克萊爾和修改他的政策。然而，由于年老體弱，他無(wú)法阻止馬克西米利安派系的接管。1619年3月20日，他因自然原因去世，享年62歲。斐迪南此時(shí)已經(jīng)加冕為波希米亞國王（1617年）和匈牙利國王（1618年），又接替馬蒂亞斯成為神圣羅馬帝國皇帝。 葬禮
由于維也納的皇家墓穴尚未完工，安娜（1618年）和馬蒂亞斯（1619年）被臨時(shí)埋葬在圣瑪麗亞修道院。直到1633年，他們才被轉移到卡布欽教堂的皇家地下室。馬蒂亞斯皇帝是41位接受“單獨埋葬”的人之一，因為他們的尸體分布在哈布斯堡的所有三個(gè)傳統維也納墓地（皇家墓穴、赫茲格魯夫特、公爵墓穴） 
